أنشئت كلية العلوم الطبيه التقنيه كقسم من اقسام كلية الطب بقرار من مجلس الجامعة بتاريخ  2002/2/20م وذلك نسبة للحاجة الماسة لتأهيل وتدريب كوادر صحية قادرين على مواكبة التطور ،  والتقنيات العالية التى ادخلت على الخدمات الصحية ،  ومواصلة الدراسات العليا والتخصص فى  المجالات الصحية . وبدأ القبول لهذه الكلية في العام الدراسي 2002 – 2003م للقبول العام والخاص لمنح درجة البكالريوس والدبلوم فى علوم وتقنيات التمريض ودرجة البكالوريوس في علوم التخدير.

 في إطار إعلان السودان بشأن تطوير وترقية الأطر الصحية والطبية المساعدة الموقع في أول أبريل 2001م بين منظمة الصحة العالمية ووزيري الصحة والتعليم العالي. وبموجب ذلك وقعت الجامعة اتفاقيات مع وزارة الصحة الاتحادية ووزارة الصحة ولاية الخرطوم . 

بقرار من وزارة التعليم العالي بناءاً علي توصية المجلس التنسيق الموحد لكليات العلوم الصحية والطبية بالجامعة بتاريخ 13/4/2006أصبحت كلية قائمة بذاتها بمسمي كلية العلوم الطبية التقنية بدأًت بالفرقة 14 والتى تم قبولها بمجمع الخرطوم بحري . وتضم  الكلية أقسام التمريض والتخدير والقبالة واتبعت لاحقاً بقسمي العلاج الطبيعي والتغذية والتغذية العلاجية ، وبدأ التجسير لبكالوريوس التمريض في العام الدراسي (2006م.-2007م.) وحتى الآن, كما تم فتح البرنامج التاهيلي لدراسة الماجستير تماشيا مع التطور للوائح القبول للدراسات العليا بوزارة التلعليم العالي والبحث العلمي,

تم إنشاء قسم الدراسات العليا بالكلية لمنح درجة الدكتوراه و الماجستير فى تخصصات الكلية المختلفه في عام 2010  بالمقرارات فى تخصص ماجستيرعلوم تمريض  النساء والتوليد  وبالبحث فى درجة الماجستير في تخصصات التخدير والتمريض المختلفة (تمريض  الحالات الحرجة –تمريض النساء التوليد-تمريض صحة مجتمع-تمريض الاطفال وعلوم التخدير ). 

كما تمت اجازة برامج الدبلوم العالي في تخصص التمريض حيث أجازت برنامج الدبلوم العالي لتمريض غرف العمليات وتمريض الحالات الحرجة.

بوجد طلاب قيد الدراسة لنيل درجة الماجستير و الدكتوراة . تمت الاجازة لقيام برامج للدراسة بالمقررات علي مستوي الماجستير في تخصصات تمريض الاطفال تمريض الحالات الحرجة –تمريض صحة المجتمع والان رفعت للاجازه من وزارة التعليم العالي والبحث العلمي.